Levering van drie sequencers inclusief preventief onderhoud en reagentia

Aanleiding van de inkoopbehoefte:
Whole-Genome Sequencing (WGS) wordt momenteel binnen het RIVM routinematig gebruikt voor karakterisatie van bacterële en virale genomen met hoge resolutie ten behoeve van surveillance, uitbraakdetectie en -diagnostiek.

Het betreffen essentiële analyses voor de primaire processen van het IDS (Centrum Infectieziekteonderzoek, Diagnostiek en laboratorium Surveillance) en het Z&O (Centrum Zoönosen en Omgevingsmicrobiologie).

Sequencing is het proces waarbij de volgorde van de bouwstenen van een DNA-molecuul wordt bepaald. Er zijn vier bouwstenen, ook wel basen genoemd. De volgorde van deze basen vormt de genetische code die de instructies bevat voor het functioneren en de ontwikkeling van een organisme. WGS bepalingen kunnen worden uitgevoerd door middel van short-read (NGS ook wel tweede generatie sequencing) en long-read sequencing (TGS ook wel derde generatie sequencing). NGS maakt gebruik van massaal parallelle sequencing. Dit betekent dat er duizenden tot miljoenen DNA-fragmenten tegelijkertijd in een reeks worden geplaatst. Het is snel en kosteneffectief, waardoor het ideaal is voor grootschalige projecten. TGS omvat technieken die langere DNA-fragmenten in één keer lezen, wat resulteert in lange reads. Dit is noodzakelijk voor het identificeren van
1. structurele variaties
2. het sequencen van complexe genoomgebieden. TGS biedt een hogere nauwkeurigheid bij het lezen van repetitieve sequenties.
Voor deze toepassingen is long-read sequenties vereist.

Dit is de reden dat het RIVM momenteel drie GridION systemen van Oxford Nanopore Technologies (ONT) heeft om data te genereren. Deze apparatuur wordt ingezet voor een 2000 monsters op jaarbasis te analyseren onder ISO 15189 accreditatie Er is sinds 2023 een nieuwe generatie ONT-sequencers beschikbaar. Deze nieuwe generatie van deze systemen de PromethION stelt ons in staat data (reads) te genereren van nog hogere kwaliteit. Ook zijn de kosten aanzienlijk lager en is de throughput (aantal monsters dat tegelijk kan worden geanalyseerd) een facor 4 hoger. I.v.m. de brede implementatie van deze techniek willen we het voorgestelde systeem uiterlijk in Q1 2025 hebben aangeschaft.

Deze motivering dient voor de onderbouwing voor de aanschaf van een vervangend/aanvullende nieuwe generatie ONT-sequencers.